用铁苏木紫(iron hematoxylin)染洋葱皮的方法是一种稍微复杂的染色方法。在使用铁苏木紫溶液之后，仍需用到一种叫做铁明矾 (iron alum)的媒染剂才行。这二种溶液可以买到现成配好的，买来就可以应用的。

从一颗嫩洋葱剥一小块大小约一公分左右的皮，放在一个小碟之中，注入铁明矾溶液，放一个晚上的时间。隔天用镊子轻轻夹起这块洋葱皮，放在一碟清水中，在水中缓缓来回漂洗数秒钟，然后将它移到另一个装有苏木紫溶液的小碟里面。这时必须小心不要让洋葱皮带有一些铁明矾溶液，否则这里面的苏木紫液会立即变成黑色而破坏糟塌掉。将此标本放置苏木紫溶液中，时间大约与放在铁明矾溶液中的时间相等。染了这麻久的时间，颜色应会变得相当黑了。也就是说这个方式已使标本染色过度了，因此，我们必须将过多的染剂除去，而这就是所谓的鉴别(differentiation)染色法。

鉴别染色法是将标本分别放难铁明矾和清水之中交替漂洗，直到达理想的颜色为止。理想的颜色可视需染的成份和个人的偏好而定。一般而言，最好的办法是将标本留在鉴别器中，直到变成深灰色为止。

简单的也可以使用甲基蓝染色液。