1.显微镜放置注意应以双手拿取，一手握住镜臂，另一手托住底座以避免震荡。

2.将电源插上开启电源并检查灯源是否亮起。

3.检查接目镜及接物镜是否脏污，如有则以拭镜纸擦拭。

4.将载玻片放置于载物台上并夹好，以粗细调节轮调至适当位置。

5.如需以双眼同时观测则调整双眼距离与接目镜焦距，如有近视；眼镜戴着或取下皆可。

6.接物镜主要包括4X、10X、40X及100XOIL等，使用原则为由低倍至高倍，若观察组织切片时，可先用4X（乘上接目镜10倍即可放大40倍）的接物镜，调整粗调节轮到切片影像出现，此时亦可调节光源大小，然后再将接物镜调至10X（放大100倍），再以细调节轮调至影像清晰为止。

7.在镜台圆孔正下方有聚光器（condenser），用以聚集及调节光线，而附于聚光器的下方有叶片圈，可借其调节杆来调节光圈开启的大小，配合光源的量，可决定透过聚光器而打在玻片背面的光强弱；过亮时常因缺乏明暗对比而使标本模糊不清，此时可将叶片光圈关小，以利于检视。

8.若欲使用100X物镜（放大1000倍）时，需先将接物镜转移，滴一小滴油在盖玻片上，以镜油(最接近玻璃折射率以免光线射散)为中间介质，可使观察更清晰），再小心的将物镜旋转轻轻接触到盖玻片上。镜头与盖玻片距离很近，调整焦距时，须特别注意​​避免镜头触及盖玻片，以免造成玻片破裂。

9.使用油镜（放大1000倍）时，先用细调焦轮将载物台推高至盖玻片与接物镜轻轻接触，再以细调节轮慢慢使载物台下降，往下调焦找寻焦距，若物镜与镜油与盖玻片分离，则应重覆第9步骤重新开始。

10.油镜使用后，须以沾有95%或99.5%的酒精沾拭镜纸擦拭数次后，再以干净的拭镜纸重复擦拭。

11.显微镜使用后将镜台降到最低，关掉灯源，缠好电线，套上防尘套。