在1800年代以前，透镜制造家一直不能够制造不将光线分为组成色彩的透镜。这个叫做色彩错乱或色线收差(chromatic aberration)的现象，总是造成有色的模糊物像。如果将某种色彩置于焦点，其他色彩就不清楚。

西元十七世纪，荷兰人鲁文霍克苜先利用显微镜发现细菌，从此人们才了解，钗h疾病是由这些微生物所引发。他用的显微镜​​很原始，由一片透镜来放大观察。

一位名叫"Chester More Hall"的英国代书，早在1700年代就为望远镜做出了矫正的透镜，直到1830年代才做出来一种经过度矫正的显微镜透镜叫做"消差透镜"。

1886年，在德国吉纳跟卡尔.蔡斯(Carl Zeiss)一起工作的恩斯特.艾比(Ernst Abbe)，做出了名为"高度消差透镜"，矫正了色彩和球面的像差的缺点。

1800年代末期，显微镜就开始了现代显微镜的样子了。

1893年"August Kohler"提出了他所设计的照明装置，到现今仍被采用。

1930年电子显微镜发明了。它不用透镜折光来放大，而用电子来扫瞄观察物，再将放大的特像呈现在萤光幕上。由于放大倍率高达二百万倍，能精确的显现物体最纤细的局部，因此连最小的病原体---滤过性病毒也逃不过。

1935年"Frita Zernike"发明了相位对比技术，使得原来无法用显微镜看清的标本变得可以看清楚了。