一架优良的显微镜，只要保养适当，可以终生使用。灰尘会使机件造成磨损，如果让它停留在透镜上面，不仅有碍透镜效能，还会在清洁时因为磨擦而形成损伤。

显微镜用过后应该随时以防尘套套起，目镜应该永远不离镜筒，以免尘土掉落底部的接物透镜上面。细微的尘沙附着在目镜上面，对于显微镜的效能并无多大的关系，但如果能将尘垢，尤其是指纹或干了的浸油等油污，弄在接物透镜上，则会使影像的明确度受到相当不良的影响。

灰尘最好使用一种柔软无油的毛刷或一种附有小型风箱的刷子(专为清洁镜头而设计，大多的照相材料行均售)拭净。油腻的沉淀物、浸油或装制媒剂，都应该随时用少量乙醚之类的溶剂予以清除。绝对不可使用酒精，因为酒精可以溶解透镜之间的接合剂。都最后的清洁最好是使用蒸馏水完成。